Vanaf 2013 rapporteert de commissie conform haar opdracht  jaarlijks op verzoek van de minister van OCW en de bewindslieden van EZ over de prestatieafspraken op het niveau van het stelsel van het hoger onderwijs en onderzoek. Deze rapportages bevatten dan ook geen overzicht van de voortgang bij de individuele instellingen, maar richten zich op de te verwachten resultaten op stelselniveau. In de stelselrapportage van 2014 wordt vooral ingegaan op de voortgang en opbrengsten van het profileringsproces, zoals die tijdens de Midtermreview naar voren zijn gekomen. 

In haar brief aan de Tweede Kamer van 21 april 2015 heeft de minister de tweede stelselrapportage aan de Tweede Kamer aangeboden.